NCNP脳神経外科は、てんかんの外科治療や脳深部刺激療法（DBS）に代表される機能的脳神経外科を専門に、正常圧水頭症に対するシャント術や、髄膜腫などの一般脳神経外科にも対応しています。特にてんかん外科は乳幼児から成人まで全ての年齢層を対象に行っており、国内でも有数の手術件数を誇ります。
脳磁図（MEG）やPET、高磁場MRI、長時間ビデオ脳波モニタリング、頭蓋内脳波記録など高度な診断技術を用いて、経験豊富な専門スタッフが他科との診療連携によって、患者さんの生活の質を重視した治療を提供します。また、ナビゲーションシステムや術中モニタリングを併用した安全な手術も特徴です。