| 年月 | 所長 | 組織等経過 |
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昭和25年5月 |
精神衛生法国会通過（精神衛生研究所設置の附帯決議採択） | |
| 26年3月 | 厚生省公衆衛生局庶務課が設置の衝にあたる | |
| 27年1月 | 黒沢良臣 （国立国府台病院長兼任） |
厚生省設置法並びに組織規程の一部改正により精神衛生に関する調査研究を行う附属機関として、千葉県市川市に国立精神衛生研究所設置総務課、心理学部、生理学形態学部、優生学部、児童精神衛生部及び社会学部の1課5部により業務開始 |
| 35年10月 | 心理学部を精神衛生部に、社会学部を社会精神衛生部に、生理学形態学部を精神身体病理部に、優生学部を優生部に名称変更し、精神薄弱部を新設 | |
| 36年4月 | 精神衛生研修室、心理研究室、精神衛生相談室及び生理研究室を新設 | |
| 36年6月 | 厚生省設置法の一部改正により精神衛生技術者の研修業務が追加され、医学科、心理学科、社会福祉学科及び精神衛生指導科の研修開始 | |
| 36年10月 | 内村祐之 | |
| 37年4月 | 尾村偉久 （公衆衛生局長が所長事務取扱） |
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| 38年7月 | 若松栄一 （公衆衛生局長が所長事務取扱） |
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| 39年4月 | 村松常雄 | 主任研究官を置く |
| 40年7月 | 社会復帰部及び精神発達研究室を新設 | |
| 41年7月 | 本館改築完成（5カ年計画） | |
| 44年4月 | 総務課長補佐を置く | |
| 46年4月 | 笠松章 | |
| 46年6月 | 社会精神衛生部にソーシャルワーク研究室を新設 | |
| 48年7月 | 老人精神衛生部を新設 | |
| 49年7月 | 老人精神衛生部に老化度研究室を新設 | |
| 50年7月 | 社会復帰部を社会復帰相談部に名称変更 精神衛生相談室を精神衛生部から社会復帰相談部の所属に改正 |
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| 52年3月 | 加藤正明 | |
| 53年12月 | 社会復帰相談庁舎完成（2カ年計画） | |
| 54年4月 | 研修課程の名称を医学課程、心理学課程、社会福祉学過程及び精神衛生指導課程に名称変更し、精神科デイ・ケア課程を新設 | |
| 55年4月 | 研修庁舎完成（講義室・図書室・研修生宿舎） | |
| 58年1月 | 土居健郎 | |
| 58年10月 | 老人精神衛生部に老人保健研究室を新設 | |
| 60年4月 | 高臣武史 | |
| 61年5月 | 厚生省設置法の一部改正により、国立高度専門医療センターの設置を決定 | |
| 61年9月 | 厚生省組織令の一部改正により、国立高度専門医療センターの名称と所掌事務が決定 | |
| 61年10月 | 国立高度専門医療センターの一つとして、国立武蔵療養所、同神経センターと国立精神衛生研究所を統合し、国立精神・神経センター設置 ナショナルセンターの1研究所として精神保健研究所に改組、精神身体病理部と優生部を統合し精神生理部としたほか，精神保健計画部及び薬物依存研究部を新設、1課9部19室となる |
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| 62年4月 | 島薗安雄 （総長が所長事務取扱） |
厚生省組織規程の一部改正により、国立精神・神経センターに国立国府台病院が統合し、2病院、2研究所となる 庶務課廃止、研究所に主幹を置く |
| 62年6月 | 藤縄昭 | |
| 62年10月 | 心身医学研究部（ストレス研究室、心身症研究室）と精神保健計画部システム開発研究室を新設 | |
| 平成元年10月 | 社会復帰相談部に援助技術研究室を新設 | |
| 6年4月 | 大塚俊男 | |
| 9年4月 | 吉川武彦 | |
| 11年4月 | 薬物依存研究部で研究室の改組があり、心理社会研究室と依存性薬物研究室となり、診断治療開発研究室を新設 精神薄弱部を知的障害部に名称変更 |
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| 13年1月 | 堺宣道 | |
| 14年1月 | 精神保健研究所創立50周年 | |
| 14年6月 | 高橋清久 （総長が所長事務取扱） |
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| 14年8月 | 今田寛睦 | |
| 15年10月 | 司法精神医学研究部を新設（制度運用研究室、専門医療・社会復帰研究室、精神鑑定研究室） | |
| 16年4月 | 金澤一郎 （総長が所長事務取扱） |
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| 16年7月 | 上田 茂 | |
| 17年4月 | 市川市（国府台）から小平市（武蔵）に移転 | |
| 17年8月 | 北井曉子 | |
| 18年10月 | 自殺予防総合対策センターの新設（自殺実態分析室、適応障害研究室、自殺予防対策支援研究室）、成人精神保健部の増設（犯罪被害者等支援研究室、災害時等支援研究室） | |
| 19年6月 | 加我牧子 | |
| 21年10月 | 精神生理部に臨床病態生理研究室を新設 | |
| 22年4月 | 独立行政法人国立精神・神経医療研究センター精神保健研究所となる 8つの研究部の名称を変更（精神保健計画研究部、児童・思春期精神保健研究部、成人精神保健研究部、精神薬理研究部、社会精神保健研究部、精神生理研究部、知的障害研究部、社会復帰研究部）し、知的障害研究部に発達障害支援研究室を新設、11部33室（室長定数29）となる 所長補佐及び自殺予防総合対策センター副センター長を置く |
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| 23年12月 | 災害時こころの情報支援センターの新設（情報支援研究室） | |
| 25年4月 | 野田 広 | |
| 25年7月 | 福田祐典 | |
| 27年10月 | 冨澤一郎 | |
| 27年12月 | 中込和幸 | |
| 28年4月 | 自殺予防総合対策センターを廃し自殺総合対策推進センターを新設（自殺実態・統計分析室、自殺総合対策研究室、自殺未遂者・遺族支援等推進室、地域連携推進室） | |
| 29年10月 | 社会精神保健研究部を廃止 精神疾患病態研究部を新設（基盤整備研究室、病態解析研究室）、精神保健計画部精神医療体制研究室を増設 |
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| 30年4月 | 4つの部を2つの部へ統合(司法精神医学研究部と社会復帰研究部を統合、成人精神保健研究部と心身医学研究部を統合)、
また７研究部の名称を変更（地域・司法精神医学研究部、行動医学研究部、ストレス・災害時こころの情報支援センター、精神医療政策研究部、児童・予防精神医学研究部、知的・発達障害研究部、睡眠・覚醒障害研究部）及び室名変更等再編し、結果、２センター、11部35室から９部33室となる |
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| 31年1月 | 金吉晴 | |
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令和2年 4月 |
自殺総合対策推進センターを廃止、厚生労働大臣指定（調査研究等）法人いのち支える自殺対策推進センターに業務を継承 |
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2年11月 |
精神医療政策研究部を公共精神健康医療研究部（1室を廃止）に名称変更し、現在の1センター9部28室となる |
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4年4月 |
地域・司法精神医療研究部（1部4室）を地域精神保健・法制度研究部に名称変更 |
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