ここでは、対象校がどのように選ばれるのかについて解説します。
日本には全国に約1万校の中学校があります。そのすべてを対象に調査をすることは現実的ではありません。そこで、本プロジェクトでは全国の中学校から都道府県を単位として対象校を無作為に選ぶことで、日本全体の縮図となるような対象校を決定します（層別一段集落抽出法）。
中学生数が最も少ない鳥取県の中学生数を基準とします。そして、各都道府県の中学生数の比に従って、対象校数を決定します。例えば、東京都の中学生数は鳥取県の19.4倍なので、切り上げて、20校となります。また、高知県は鳥取県の1.2倍なので、切り上げて、2校となります。
次に、統計ソフトを使い、都道府県の対象校数をランダムに抽出します。その際には、各学校の在籍生徒数に応じて抽出確率を設定します。つまり、在籍生徒数が多い学校ほど、選ばれる確率が高いことになります（比例確率抽出法）。このような手順で、対象校が決定します。各調査年の対象校数、想定生徒数は「4. 対象校および実施状況」の表4をご覧ください。
